Open sciences

Cette page rassemble les ressources mises à disposition dans une démarche de science ouverte. S’y trouvent des packages R, des jeux de données et des codes développés dans le cadre de travaux de recherche.

Les packages R ont été développés pour répondre à des besoins méthodologiques concrets. Ils couvrent différents aspects de l’analyse et de la gestion de données en écologie et entomologie : ExpBites pour l’analyse de données de terrain liées aux interactions comportementale humain-vecteur, ecoXCorr pour l’étude des relations décalées dans le temps entre variables environnementales et biologiques, modisfast (développé par Paul Taconet) pour l’accès et le téléchargement rapide de données environnementales issues de la télédétection, et InsectLabelR pour la génération automatisée d’étiquettes destinées aux collections entomologiques. Certain de ces packages ont des applications web associées permettant soit d’utiliser les fonctionalités du package sans connaissance du logiciel et du langage R soit d’illustrer les capacités du package.

R packages

Moiroux, N., C. Bartholomée, and P. Taconet (2026). ecoXCorr: An R Package for Lagged Cross-Correlation Analysis of Environmental Time Series. Zenodo. DOI: 10.5281/zenodo.18621989.

Moiroux, N. and N. Rahola (2026). InsectLabelR: Designing Labels for Insects in Collection. Zenodo. DOI: 10.5281/zenodo.18631709.

Moiroux, N. (2025). ExpBites: Analyzing Human Exposure to Mosquito Biting. DOI: 10.32614/CRAN.package.ExpBites.

Taconet, P. and N. Moiroux (2025). Modisfast: Fast and Efficient Access to MODIS Earth Observation Data. DOI: 10.32614/CRAN.package.modisfast.

Apps

ExpBites App :

ecoXCorr App :

InsectLabelR App :

Codes & Data

ColombineBartholomee and N. Moiroux (2025). Open-Access Code Used to Model Parity Rate and Simulate the Basic Reproduction Number (R0) of Arboviruses Transmitted by Aedes Albopictus in Montpellier, France. Zenodo. DOI: 10.5281/zenodo.15854095.

Moiroux, N. (2025). Supplementary Materials, as Well as Codes and Data Necessary to Reproduce the Analyses Presented in the Study Entitled “Potential of Attractive Insecticide-Treated Nets (ITNs) in Reducing Malaria Transmission: A Modeling Study. Zenodo. DOI: 10.5281/zenodo.17142100.

Moiroux, N., P. Taconet, D. D. Soma, et al. (2025). Protocol, Replication Data and Codes for: Non-pyrethroid Indoor Residual Spraying or Intensive Behavior Change Communication in Combination with Long-Lasting Insecticidal Nets against Malaria Disease in West Africa: A Pragmatic Transnational Cluster-Randomized Controlled Trial. DOI: 10.23708/MZ7KZZ.

Bartholomée, C., P. Taconet, M. Mercat, et al. (2024). Monthly Mosquito Sampling in Montpellier (Occitanie), France, 2023. DOI: 10.15468/4qafbu.

Kambou, S. S., A. Valente, P. Agnew, et al. (2024). Replication Data and R Code for: Non-contact Detection of Pyrethroids Widely Used in Vector Control by Anopheles Mosquitoes. DOI: 10.23708/IMJ1WG.

Soma, D. D., B. Zogo, P. Taconet, et al. (2024). Anopheles Collections in the Health Districts of Korhogo (Côte d’Ivoire) and Diébougou (Burkina Faso) (2016-2018). DOI: 10.15468/v8fvyn.

Moiroux, N. and S. Bio-Bangana (2023). Land Use Land Cover High Resolution Map (10 m) for the Area of Tori-Bossito, Benin, 2010-2011. DOI: 10.23708/U6WTLE.

Moiroux, N., C. Pennetier, R. K. Dabiré, et al. (2023). REACT Project (Burkina Faso and Côte d’Ivoire, 2016-2018): Study Sites Information. DOI: 10.23708/IX5Z7U.

Soma, D. D., B. Zogo, P. Taconet, et al. (2023). Anopheles Collections in the Health Districts of Korhogo (Côte d’Ivoire) and Diébougou (Burkina Faso) (2016-2018). DOI: 10.15468/v8fvyn.

Taconet, P., R. K. Dabiré, and N. Moiroux (2023). Land Use Land Cover Very High Resolution Map (1.5-m) for the Area of Diébougou, Burkina Faso, 2018. DOI: 10.23708/ARSJNB.

Taconet, P., A. Koffi Amanan, and N. Moiroux (2023). Land Use Land Cover Very High Resolution Map (1.5-m) for the Area of Korhogo, Côte d’Ivoire, 2018. DOI: 10.23708/MTF4S8.

Taconet, P., D. D. Soma, B. Zogo, et al. (2023). Data and Code for: Physiological and Behavioural Resistance of Malaria Vectors in Rural West-Africa: A Data Mining Study to Adress Their Fine-Scale Spatiotemporal Heterogeneity, Drivers, and Predictability. DOI: 10.23708/LV8GEW.

Zogo, B., A. A. Koffi, L. P. Ahoua Alou, et al. (2020). Identification et Caractérisation Des Gîtes Larvaires d’Anopheles Spp. à Korhogo (Entomologie). DOI: 10.23708/5ODIWK.